Onderzoekslab sluit aan bij bio-revolutie

Science Park Amsterdam biedt onderdak aan het eerste Nederlandse e-BioScience Laboratorium. Deze onderzoeksomgeving is schaars in de wereld. De belangstelling van universiteiten, ziekenhuizen en bedrijven is dan ook groot.

Revolutie in de biologie

Het e-BioLab, zoals het laboratorium wel wordt genoemd, sluit aan bij een revolutie in de biologie. Die gaat met name over het ontrafelen van de code van het menselijk DNA. Experimenten hiermee worden steeds groter, leveren steeds meer gegevens op en vragen om steeds complexere methoden voor analyse. Zo complex dat het nauwelijks mogelijk is dat één discipline alle kennis bezit om de technieken tot in de detail te beheersen. Er moet dus samengewerkt worden tussen biologen, wiskundigen, statistici en natuurkundigen. Het e-BioLab stelt hen daartoe in staat.

Het e-BioLab werd gefaciliteerd door het Nikhef, en is een samenwerkingsproject van het aan de Universiteit van Amsterdam verbonden MicroArray Department en het Reken- en Netwerkdiensten centrum SARA. Het is aangesloten op de infrastructuur van het Virtual Laboratory for e-Science. Daardoor beschikt het over veel rekenkracht en is uitwisseling van enorme hoeveelheden data mogelijk.

Computerschermen met ongekende mogelijkheden

Ook beschikt het e-BioLab over een enorm beeldscherm van 8.000 maal 4.800 pixels dat uit twintig afzonderlijke computerschermen bestaat. Sterk vergrootte beelden, zoals hoge resolutie elektronenmicroscopie-beelden, of juist heel veel kleine plaatjes kunnen hier worden getoond zonder verlies van details.
 
Onder andere het onderzoek met microarrays, ook wel 'DNA-chips' genaamd, maakt hiervan gebruik. 'Bijvoorbeeld om de reactie van genen te bestuderen bij bestraling met ultraviolet licht', zegt bioinformaticus Han Rauwerda, verbonden aan het MicroArray Department. Dit soort experimenten levert miljoenen datapunten op.

Samenwerking op Science Park

'In zo'n experiment bestuderen wetenschappers wel twintigduizend genen op een aantal meetpunten over een verloop van tijd', verduidelijkt Rauwerda. 'Er zijn statistici nodig om al die data te bewerken. Maar zij hebben niet de kennis om het onderzoek zonder biologen uit te voeren.' 

De vele plaatjes die het e-BioLab toont, vergemakkelijken de uitwisseling van informatie tussen wetenschappers uit verschillende disciplines. Rauwerda: 'Elk plaatje is op te vatten als een aspect van het onderzoek vanuit het gezichtspunt van een discipline. Het e-BioLab maakt discussie mogelijk over de keuzes die in een onderzoek gemaakt moeten worden en over de betekenis van de onderzoeksresultaten.'

'Deze aanpak is niet alleen belangrijk voor universitair onderzoek, maar ook voor farmaceutische bedrijven of ziekenhuizen. Met een aantal van hen werken we samen en organiseren we hier projectbijeenkomsten. Het e-BioLab is hiervoor een unieke omgeving om deze bijeenkomsten op een zeer interactieve wijze te laten verlopen.'